باشگاه سپاهان اصفهان در مهرماه ۱۳۳۲ توسط محمود حریری، ملیپوش فوتبال ایران، تاسیس شد. ابتدا با نام باشگاه شاهین در اصفهان آغاز به کار کرد، اما در سال ۱۳۴۶ پس از انحلال باشگاه شاهین تهران، نام خود را به سپاهان تغییر داد.
در سال ۱۳۵۰، سپاهان به عنوان نماینده اصفهان در جام منطقهای ایران شرکت کرد و در اولین حضور خود به مقام پنجم دست یافت. از آن پس، سپاهان در جام تخت جمشید حضور پیدا کرد و تا ۱۳۵۶ در این رقابتها شرکت کرد.
در سال ۱۳۶۱، امتیاز باشگاه به مسعود تابش واگذار شد. در دهه ۷۰، باشگاه تحت حمایت و مدیریت کارخانه سیمان سپاهان قرار گرفت و سپس در سال ۱۳۷۹، امتیاز باشگاه به مجتمع فولاد مبارکه منتقل شد و نام باشگاه به فولاد مبارکه سپاهان تغییر یافت.
باشگاه سپاهان یکی از پرافتخارترین تیمهای فوتبال ایران است و در طول تاریخ خود به دستاوردهای بزرگی دست یافته است. از جمله این افتخارات میتوان به موارد زیر اشاره کرد:
باشگاه سپاهان به دلیل داشتن بازیکنان برجستهای همچون محرم نویدکیا، محمود کریمی، عماد محمدرضا، هادی عقیلی و حسین پاپی، به یکی از معتبرترین تیمهای ایران تبدیل شده است. محرم نویدکیا، اسطوره باشگاه، با پنج قهرمانی در لیگ برتر و چهار قهرمانی در جام حذفی، از محبوبترین و پرافتخارترین بازیکنان تاریخ این باشگاه به شمار میرود.
سپاهان در سال ۲۰۰۷، پس از نمایش درخشان در لیگ قهرمانان آسیا، به فینال این رقابتها رسید. آنها در بازی نهایی با اوراوا ردز ژاپن روبرو شدند و با شکست در بازی برگشت، عنوان نایبقهرمانی را از آن خود کردند.
همچنین سپاهان تنها تیم ایرانی است که در جام باشگاههای جهان ۲۰۰۸ حضور یافت و در این رقابتها به مصاف تیمهای مطرح دنیا رفت.
در لیگ هجدهم، رقابتهای شدید بین سپاهان و پرسپولیس به اوج خود رسید و درگیریهای حاشیهای فراوانی میان هواداران و بازیکنان دو تیم شکل گرفت. این رقابتها حتی به جنجالهایی همچون حمله به خبرنگاران و اعتراض به داوریها منجر شد.
باشگاه سپاهان به طور رسمی در مرداد ۱۳۸۹، نماد شیر زرد را به عنوان نماد خود انتخاب کرد. این نماد نمایانگر قدرت و غرور تیم در عرصههای مختلف است.